北京四合院的营建非常讲究风水，从择地、定位到确定每幢建筑的具体尺度，都要按风水理论来进行。风水学说，实际是中国古代的建筑环境学说，是中国传统建筑理论的重要组成部分，这种风水理论，千百年来一直指导着中国古代的营造活动。

北京四合院属于“阳宅”的范畴，也有很多风水上的讲究。一般来说，考察一个宅院的选址好坏、要看它周围道路、树木、及其与其他住宅的关系，同时对住宅平面的轮廓形状也有要求。北京四合院以长方形为最吉，南窄北宽的梯形以及方形也算是吉地，而南宽北窄的梯形以及曲尺形则被视作不吉。

方位方面，坐北朝南是最好的朝向，也是大多数四合院的实际建造模式。其他禁忌包括宅门不能正对着道路的走向，邻居住宅的房屋不能太高等等。宅门一般位于东南方，厕所多在西南方，也都是从八卦方位得到的启示。

此外中国自古有一个成语交“门当户对”，但从风水的角度来讲，位于同一条胡同两侧人家的宅门是绝对不能相互直对的，据说会对两家主人有很大的伤害。不过从环境心理学的角度看，两家户门如果彼此相对，也确实会带来实现干扰的问题，并影响各自的出入。

中国风水最注重“藏风聚气”，这个“气”的含义很玄奥，有很多种解释。通常宅门偏于一侧，门对照壁，便可以防止“气”随便泄走。另外北京人也重视“接地气”，就是认为人不能离开大地，一定要住在与地面直接气息相通的平房中，所以即便设有楼阁，也主要用于观景和储藏东西，并不住人。

很多四合院设计受到先天条件的限制，很难完全符合风水的要求，总会有这样那样的缺陷。这些缺陷可以通过一些方法来进行调整和变通，包括设置影壁、石敢当以及在墙上挂一面镜子等等，都有改善风水的作用。